La storia della città di Fregellae è ricostruibile sulla base delle fonti antiche che ne tramandano gli avvenimenti. Nel 328 a.C., presso la confluenza tra il fiume Liri ed il Sacco, Roma fonda la colonia di diritto latino di Fregellae. Con questa deduzione i romani contravvengono al trattato sottoscritto con i Sanniti nel 354 a.C. col quale si stabilivano le aree di rispettiva competenza. Il nome della città viene recuperato dall’antico insediamento volsco che era stato distrutto dai Sanniti. Tale abitato si estendeva lungo le pendici della collina di Rocca d’Arce. Con la deduzione romana, la città si sposta verso un altopiano posto tra i moderni centri di Arce e Ceprano.  Nel 320 a.C., a causa della sua posizione in territorio Sannita, la città viene distrutta per essere ricostruita nel 313 a.C. dai romani.  Durante la seconda Guerra Punica lo storico Tito Livio ricorda una serie di interventi dei fregellani tesi a supportare l’esercito romano e ad arrestare l’avanzata verso Roma del generale cartaginese Annibale. Negli anni successivi si registra un consistente flusso migratorio dai territori confinanti. Sanniti e Peligni  si stabiliscono nella  colonia incrementando fortemente la sua popolazione e alterandone la compagine sociale. Tale avvenimento modifica irrimediabilmente il rapporto tra la città e Roma e provoca conflitti allorquando i coloni rivendicano il diritto alla cittadinanza romana. La richiesta, infatti, scaturisce dalla necessità di beneficiare delle nuove assegnazioni gratuite di terreno pubblico a favore dei cittadini romani. Alla rivolta dei fregellani, nel 125 a.C., Roma risponde con la distruzione della città.  L’area urbana attraverso il rito della devotio è consacrata agli dei degli Inferi ed è per questo abbandonata. I fregellani rimasti vengono convogliati nella città di nuova fondazione chiamata Fabrateria Nova, edificata sulla riva destra del fiume Liri.